מכירת נכס בחוק מע״מ כוללת גם הפקעה של נכס, אך רק אם שולם בגין ההפקעה. בעיני מע״מ, מי שלקחו לו את הקרקע, והוא קיבל תמורה על זה, חייב במעמ על התמורה שהתקבלה כי מבחינת התוכן הכלכלי, מדובר במכירה של קרקע. ההבדל היחיד שבמכירה רגילה, המוכר עושה זאת מרצונו, ואילו בהפקעה זו מכירה שניכפית עליו.
אולם, לעיתים מקבל בעל הקרקע פיצוי כספי בגין פגיעה שנגרמה לקרקע. למשל, הרבה קרקעות לאורך כביש 6 איבדו מערכן בעת הקמת הכביש. בעלי הקרקע היו זכאים לפיצוי, וזאת לפי סעיף 197 לחוק התכנון והבניה שעניינו הגשת תביעת פיצויים אשר קובע:
"נפגעו על ידי תכנית, שלא בדרך הפקעה, מקרקעין הנמצאים בתחום התכנית או גובלים עמה, מי שביום תחילתה של התכנית היה בעל המקרקעין או בעל זכות בהם זכאי לפיצויים מהועדה המקומית…"
נשאלת השאלה, האם פיצוי כזה חייב במע״מ? האם מדובר בהפקעה או במשהו דומה?
לטענת הנישומים, אין מדובר בהפקעה כי בעל הקרקע נשאר הבעלים שלה והיא לא נלקחה ממנו. אבל לטענת שלטונות מע"מ פיצוי כזה דומה מספק להפקעה כדי לחייב אותו במע״מ.
הנפגע קיבל פיצוי יש לשלם מע"מ על פיצוי המשולם לפי סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה בגין פגיעה על ידי תוכנית בדומה לפיצוי המשולם בגין הפקעה.
בית המשפט העליון קובע בפס״ד כפריס (קישור לפסק הדין) כי פיצוי כזה לא יהיה חייב במע״מ, שכן איננו מהווה הפקעה.
לחברת כפריס דדו יש מקרקעין בבעלותה. המקרקעין עברו שינוי יעוד, מתעשייתי לציבורי ויועדו להפקעה. החברה סרבה לפנות את המקרקעין ולאחר הסכם פשרה קיבלה פיצוי בגין הנזקים שנגרמו לה, ובתנאי לכך שתסלק ידה מן המקרקעין.
על חלק מסכום הפיצוי המתייחס לפיצוי בגין הפגיעה במקרקעין בשל התוכנית, הגישה החברה דוח מע"מ בשיעור אפס. מע"מ דרש לחייב את כל סכום הפיצוי.
בדרך כלל, קודם להליכי ההפקעה מתקיים הליך של אישור תוכנית המייעדת את אותם מקרקעין לשימושים ציבוריים, שלב ההפקעה המתבצע לפי פקודת הקרקעות הוא שלב נפרד, אשר יכול להתממש רק לאחר שהתוכנית נכנסה לתוקף.
הפיצוי מתבצע אף הוא בשני שלבים:
1. בשלב ראשון תביעה לפי סעיף 197 לחוק התו"ב בגין הפגיעה במקרקעין.
2. לאחר מכן מתבצע הליך ההפקעה ואז קמה הזכות לבעלים לתבוע פיצויי הפקעה.
במצב דברים זה נשאלת השאלה, האם ייעודו של מקרקעין לצרכי ציבור בשלב התכנית בלבד הוא בבחינת מכר?
בית המשפט המחוזי קבע שכן. לדבריו, אשר נאמרו כבר בפס״ד תנובה, כל ניסיון להבחין בין חלקי הפיצוי הדו שלבי כפי שעשתה החברה הוא הבחנה מלאכותית, שאין בה כדי לשנות את מהות המעשה כעסקת מכר. נימוק בית המשפט המחוזי הוא כי שלב התכנית עצמו מהווה נדבך
ראשון בהסכם למכירת זכות ההחזקה והבעלות במקרקעין. בית המשפט המחוזי חייב את החברה במע"מ על כלל הפיצוי.
החברה ערערה לעליון, אשר הפך את החלטת המחוזי וקבע כי אין בחוק התכנון והבנייה הבדל בין פגיעות במקרקעין על-ידי תכנית שעומדות בפני עצמן, או כאלו או שצופות פני הפקעה עתידית. לפיכך החלוקה הדו – שלבית היא חלוקה שיש לבצע אותה, ואיננה "חלוקה מלאכותית".
בית המשפט המשיך וניתח את הגדרת המכר וקבע כי בבסיס הרעיון של מכר עומדת האוטונומיה של הרצון (וזו נשללת במהלך כפוי)
נזכיר גם, שבמכירה כפויה (הפקעה) ישולם מחצית מהמס הרגיל. זו הטבה שניתנת בחוק מיסוי מקרקעין.