מכירת מקרקעין לא תמיד נחשבת ״עסקה״ לצורך מע״מ, ולא תמיד תהיה חייבת במע״מ.
אם המקרקעין נמכרים על ידי עוסק, אזי יש חיוב במע״מ בדרך כלל. אולם, אם המקרקעין נמכרים על ידי מי שאיננו עוסק (אדם פרטי, מלכ״ר, מוסד כספי), העסקה תהיה חייבת במע״מ רק אם עונה על הגדרת ״עסקת אקראי״.
הפסקה השנייה להגדרת "עסקת אקראי" בסעיף 1 לחוק מע"מ קובעת כי :
"מכירת מקרקעין לעוסק בידי אדם שאין עיסוקו במכירת מקרקעין, וכן מכירת מקרקעין בידי אדם כאמור, למעט מכירת דירת מגורים, למלכ"ר, או למוסד כספי".
ניתן לראות שזהות הקונה דווקא תקבע אם מדובר בעסקת אקראי. אם הקונה הוא מלכ״ר, מוסד כספי או עוסק, מכירת מגרש אליו תהיה חייבת במע״מ. במקרים אלו, חבות המע״מ מוטלת על הקונה ולא על המוכר.
בפסק הדין יד הרב הרצוג דובר על עמותה אשר החזיקה נכס מקרקעין בשני חלקים, מבנה ומגרש.
בשנת 2006 מכרה העמותה זכויות במקרקעין בישראל. בעסקה הראשונה נמכרו המקרקעין למלכ״ר הרשום בלוקסמבורג, ובעסקה השניה ליחיד תושב חוץ.
העמותה דיווחה על המכירות לרשויות מיסוי מקרקעין אך מבחינתה המכירה לא עמדה בהגדרת "עסקת אקראי" לעניין חוק מע"מ. היא חשבה שהרוכשים בשתי העסקאות אינם מהווים עוסק, מלכ"ר או מוסד כספי, ולכן לא חל מע״מ במכירה.
בית המשפט חשב אחרת. הגדרת מלכ"ר לפי סעיף 1 לחוק קובעת כי מלכ״ר הינו: "חבר בני אדם, מאוגד או לא מאוגד שאין עיסוקו לשם קבלת רווחים ואינו מוסד כספי"
לגבי ההסכם הראשון פסק בית המשפט המחוזי בירושלים, מפיו של כב' השופט דוד מינץ, כי הגדרת מלכ"ר לעניין סעיף 1 היא זו שחלה לעניין קביעת החבות במס על עסקת אקראי. אמנם סעיף 4 לחוק מע"מ קובע כי מלכ"ר ישלם מס שכר רק על פעילותו בישראל, אך סעיף זה עוסק בחיוב המלכ"ר עצמו במס שכר בגין פעילותו. זאת להבדיל מהגדרת עסקת אקראי לגביה אין חשיבות לעניין פעילות המלכ"ר בישראל.
מכאן שהחבות במע"מ לפי סעיף 1 אינה כרוכה בקיום פעילות בישראל, אלא די בכך שהגוף הינו מאוגד ופועל שלא למטרת רווח כדי שייחשב כמלכ"ר, ואם ירכוש מקרקעין בישראל – יהיה חייב במע״מ.
אז כאשר יגיע אליכם מלכ״ר תושב חוץ ויבקש לרכוש מקרקעין בארץ, תבדקו את האפשרות שיחיד תושב חוץ ירכוש את המקרקעין וישכיר אותו למלכ״ר (זה חייב להיות אמיתי, ברור). כך, מכירת המקרקעין לא תהיה חייבת במע״מ, אלא רק ההשכרה השוטפת.