היחס בין המישור הפלילי למישור האזרחי במס הכנסה, נובע מההבדלים בין שני ההליכים.
כדי להרשיע אדם בעבירה פלילית – לפי סעיף 220 לפקודה למשל, יש להוכיח מעבר לספק סביר שהוא העלים הכנסה. לעומת זאת, בשומה אזרחית ניתן להשתמש באומדן / הערכה / סבירות, ולהרים נטל הוכחה נמוך ביותר יחסית לפלילי, כדי להוציא שומה.
מפקח בשומה לא נדרש לרמת ההוכחה שנדרש מפקח בחקירות.
כדי להמחיש את זה, נחשוב על בעל קיוסק, שמדי פעם שוכח להוציא קבלה/חשבונית ללקוחות. לרוע מזלו, הגיעו שני לקוחות למס הכנסה, "הלשינו" עליו תוך כדי שהוכיחו שלא הוצאה להם חשבונית בסך 30 ש"ח כל אחד.
פקיד שומה לחקירות ינסה להרחיב את הממצאים – הוא יגבה עדויות מלקוחות אחרים, יחקור את בעל הקיוסק, וכו'. אם בסופו של יום לא יצליח להשיג ממצאים נוספים, הרי שבדוח בגמר חקירה יופיעו רק הסכומים שהוכחו – אותם 60 ש" בלבד בדוגמה הבדויה שלנו.
פקיד שומה אזרחי יפסול את ספריו של בעל הקיוסק, ויוציא לו שומה בה יגדיל את ההכנסות שלו בסכום גבוה הרבה יותר מאותם שתי חשבוניות שהוכח שלא יצאו. הוא יבצע מבחן כלכלי, ינתח את הפעילות, וכו'.
מסופר כאן על מלווה בשוק האפור, ומארגן נסיעות מהמרים לקזינו ברומניה, שלא ניהל ספרים, והוגש נגדו כתב אישום שבסופו הורשע בהעלמת הכנסות.
בפסק הדין, קובעת השופטת שראוי שהשומה לא תחרוג מממצאי החקירה הפלילית מעבר לסביר:
"ככלל, כאשר קיימת התאמה בין העובדות המהוות בסיס לכתב האישום לבין התשתית הראייתית המהווה בסיס להוצאת השומה, גם אם זו מתבססת על שומה לפי מיטב שפיטה, ראוי הוא, כי השומה לא תחרוג מעבר לסביר מחיובי המס המפורטים בכתב האישום"
ועוד:
"לגבי ההכנסות ממתן הלוואות ומפריטת צ'קים, יש לקבל את קביעת בית המשפט בהליך הפלילי"